Interview mit GreenGate Genomics

GreenGate Genomics etabliert sich als Pionier in der Landschaft der bioinformatischen Dienstleistungen mit einem speziellen Fokus auf die Erforschung mikrobieller und Umweltgenomik. Seit der Gründung im Jahr 2023 treibt das Unternehmen mit Sitz in Brandenburg Innovationen voran und bietet maßgeschneiderte Lösungen für eine Vielzahl von Anwendungen. Im Herzen von GreenGate Genomics steht ein Team aus erfahrenen Bioinformatikern und Mikrobiologen, die gemeinsam die komplexen Herausforderungen in der genetischen Forschung meistern. Dieser Artikel gewährt einen tiefen Einblick in die Entstehungsgeschichte, die ambitionierten Ziele und die beeindruckenden Erfolge von GreenGate Genomics, die es in kurzer Zeit erreicht hat.

GreenGate Genomics kurz gefasst!

Herzlich willkommen zum heutigen Interview mit GreenGate Genomics, einem innovativen Start-up im Bereich der bioinformatischen Dienstleistungen, das sich auf mikrobielle und Umweltgenomik spezialisiert hat. Gegründet im Jahr 2023 von fünf Forscher*innen des Deutschen GeoForschungsZentrums (GFZ), hat sich GreenGate Genomics als Vorreiter in der Entschlüsselung der Welt mikrobieller genetischer Daten positioniert. Mit einem hochqualifizierten Team aus Bioinformatiker*innen und molekularen Mikrobiolog*innen bietet das Unternehmen fortschrittliche und maßgeschneiderte Analysen für akademische und nicht akademische Forscher*innen, Biotechnologieunternehmen, die Lebensmittelindustrie sowie das Gesundheitswesens an. Heute haben wir die Gelegenheit von Dr. Alexander Bartholomäus (CEO), mehr über die Tätigkeiten von GreenGate Genomics, die angebotenen Dienstleistungen sowie den Hintergrund und die Vision des Unternehmens zu erfahren. Lassen Sie uns gleich in das Gespräch eintauchen und mit der ersten Frage beginnen. Könntet ihr uns einen Überblick darüber geben, was GreenGate Genomics genau macht und welche Dienstleistungen ihr anbietet?

Dr. Alexander Bartholomäus: Unsere ursprüngliche Idee bestand darin, die bioinformatischen Analysen, die wir täglich durchführen, als Service anzubieten. Es ist daher naheliegend, für sich wiederholende Aufgaben Tools und Apps zu entwickeln. Im Laufe unserer Pilotphase haben wir dann aber festgestellt, dass es so einfach nicht ist. Der eine Kunde wollte ein komplexes Tool für seine Auswertung, ein anderer Kunde nur eine spezielle Analyse für seinen spezifischen Datensatz und der Dritte wollte uns eigentlich nur die Proben geben und die finalen Ergebnisse der Auswertung bekommen. Unser Service ist daher breit aufgestellt von der speziellen bioinformatischen Analyse existierender Datensätze, über die Entwicklung von neuen Tools bis hin zur Durchführung kompletter Projekte von der Planung der Probennahme, über die Laborarbeit und Sequenzierung bis zur bioinformatischen Analyse und der Auswertung und Interpretation der Ergebnisse.

 

Könnt ihr uns mehr darüber erzählen, was euch dazu inspiriert und motiviert hat, GreenGate Genomics zu gründen? Was war der Antrieb hinter dieser Entscheidung und welche Ziele habt ihr euch damals gesteckt?

Dr. Alexander Bartholomäus: In der mikrobiellen Genomik und der Genomik allgemeinen gab es in den letzten Jahren rasante technische Fortschritte, sodass heute DNA günstig in unglaublichen Mengen ausgelesen werden kann. Man kann beispielsweise die gesamte DNA aller Mikroorganismen aus einer Bodenprobe für ca. 150€ Materialkosten sequenzieren (d.h. auslesen). Die Laborarbeit und die DNA Extraktion aus den Proben ist meist sehr einfach. Der wirkliche Bottleneck liegt in der bioinformatischen Auswertung. Das Problem besteht in der Bearbeitung dieser Sequenzierungsdaten, da diese keine vollständigen Genome liefern, sondern nur kleine DNA Schnipsel von 150 Basenpaaren (DNA-Bausteine) Länge. Eine verlässliche bioinformatische Prozessierung und Analyse dieser Daten ist nötig um die Schnipsel zusammenzusetzen, Bakterienarten und Gene zu bestimmen und die richtigen Schlüsse zu ziehen. Unser Ziel ist es diese bioinformatische Expertise für jeden zur Verfügung zu stellen und so die breite Anwendung der mikrobiellen Genomik zu unterstützen. 

 

Wie hat sich GreenGate Genomics seit der Gründung im Jahr 2023 entwickelt und welche Meilensteine habt ihr sogar schon erreicht?

Dr. Alexander Bartholomäus: Wir haben GreenGate Genomics Ende Juni als GmbH gegründet. Die Gründungsformalien haben sich allerdings etwa 3 Monate hingezogen, sodass wir erst im Oktober mit einer Vollzeitanstellung richtig starten konnten. Für 2023 sind unsere Ziele daher mit dem positiven Jahresabschluss eher kosmetisch. Für 2024 planen wir organisches Wachstum mit Umsatzsteigerungen für die Anstellung von ca. 3 Vollzeitstellen.

 

Welche Art von Kund*innen sprecht ihr an und wie können eure Dienstleistungen ihnen einen Mehrwert bieten?

Dr. Alexander Bartholomäus: Unsere Kunden sind wissenschaftliche und nichtwissenschaftliche Institute, Behörden und Firmen, die bioinformatische Expertise benötigen. Sie können mit unserer Expertise modernste Methoden in Ihren Projekten realisieren ohne selbst stark nachgefragte Experten einstellen zu müssen. Auch die Projektkosten sind so gut planbar und die Projekte schnell umsetzbar.

 
 

 

Welche Herausforderungen habt ihr bei der Gründung eines Biotechnologie-Startups in Deutschland erlebt und wie seid ihr damit umgegangen?

Dr. Alexander Bartholomäus: Wir kommen alle aus der Wissenschaft. Ich habe etwas Vorerfahrung in der freien Marktwirtschaft und auch schon immer Interesse an der Gründung einer Firma gehabt. Dennoch gibt es einfach unglaublich viel zu lernen, zu planen, zu organisieren, zu bedenken und zu verhandeln. Die Formalien und Regeln der Gründung wie z.B. Gesellschafterverträge, Handels- und Steuerrecht, aber auch Firmenname, -logo und Branding, Social Media und Marketing, das sind alles Bereiche, die abgedeckt und bearbeitet werden müssen. Wenn man wie wir gleichzeitig die Produkte entwickelt und testet und die Gründung durchführt, sollte man am besten im Team agieren oder erfahrene Coaches haben. Am besten beides. Eine große Herausforderung war tatsächlich die Gründung und der Start. Da sich die Gründung hinzog, wir aber bereits Ausgaben für ein Vollzeitstelle und Werbung getätigt hatten, sind unsere 25.000€ Kapital sehr schnell dahin geschmolzen. Wir hatten bereits an Aufträgen gearbeitet, konnten durch die fehlende Steuernummer aber keine Rechnung schreiben.

 

Die Revolution in der Genomik ist jetzt. Mit jedem DNA-Schnipsel, den wir entschlüsseln, öffnen wir ein neues Kapitel im Verständnis des Lebens.

Dr. Alexander Bartholomäus

Könntet ihr uns mehr über die Vision und die langfristigen Ziele von GreenGate Genomics erzählen?

Dr. Alexander Bartholomäus: Langfristig denke ich, dass 80% der bioinformatischen Arbeiten automatisiert werden können. Dafür werden wir im nächsten Jahr Tools für interessierte Benutzer bereitstellen. Allerdings wird es immer die anderen 20% in Form von Beratung, Softwareentwicklung und speziellen Analysen geben, die die Benutzer nicht selbst durchführen können oder bei denen die Hilfe oder die Interpretationen durch Experten nötig wird. Unser Ziel ist es langfristig den Benutzer die beste User-Experience zu bieten, sodass sie einfache Analysen selbst durchführen können und dennoch immer Zugriff auf unsere Experten haben.

Könntet ihr uns einen Überblick über das aktuelle Team geben? Wie viele Teammitglieder sind derzeit an Bord und in welchen Funktionen sind sie aktiv? Besteht die Absicht, das Team in Zukunft zu erweitern?

Dr. Alexander Bartholomäus: Aktuell besteht unser Team aus den 5 Gründungsmitgliedern. Ein Gründungsmitglied arbeitet Vollzeit im Projekt und die anderen nebenbei. Wie oben beschrieben planen wir im nächsten Jahr 3 volle Stellen, können uns aber auch gut vorstellen, dass unser Team in 2-3 Jahren auf 10-15 Mitarbeiter anwächst.

 

 

Als Expert*innen im Bereich mikrobielle und Umweltgenomik bei GreenGate Genomics, könntet ihr uns da Einblicke in die spezifischen Herausforderungen teilen, denen ihr bei der bioinformatischen Analyse mikrobieller Genome begegnet? Wie setzt ihr modernste Techniken und Workflows ein, um hochwertige Ergebnisse für eure Kunden in den Bereichen Wissenschaft, Biotechnologie und Gesundheitswesen zu erzielen?

Dr. Alexander Bartholomäus: Umweltgenomik und die Genomik im Allgemeinen sind sehr schnelllebig und sehr stark von der Forschung getrieben. Wir konnten das alle während der Corona-Pandemie miterleben: In kürzester Zeit wurden Impfstoffe entwickelt. Aber auch praktische Anwendungen wie die Live-Beobachtung der Abwasserbelastung mit Corona-Viren sind entstanden (Link: https://hygiene-monitor.de/dashboard/corona). Es entstehen ständig neue und verbesserte Tools und die Tools werden auch immer komplexer. In einer Standard-Pipeline für das Beispiel mit der DNA der Mikroorganismen aus dem Boden, kommen etwa 25 verschieden Programme zum Einsatz. Jedes Programm hat eine Vielzahl von Parametern und die ganze Pipeline braucht für die Berechnung ca. 3 Tage Rechenzeit auf einem Server, der auch spezielle Spezifikationen benötigt (z.B. > 2 TB Arbeitsspeicher). Man braucht hier einiges an Erfahrung, damit die Ergebnisse verlässlich sind und man nicht monatelang auf der Suche nach den richtigen Parametern verliert. Ein anderes Problem sind die Datenbanken der biologischen Sequenzen, die für die Pipeline benutzt werden. Hier gibt es riesige Informationsmenge, die sinnvoll durchsucht und clever kombiniert werden müssen. Wissenschaftler gehen davon aus, dass in der Genetik in Zukunft viel mehr Daten entstehen und ständig neu berechnet werden müssen, als von Youtube-Videos hochgeladen werden.

Basierend auf euren eigenen Erfahrungen, welchen Rat würdet ihr anderen Gründer*innen oder Startups geben?

Dr. Alexander Bartholomäus: Gründet nicht allein, folgt eurem eigenen Weg und nehmt so viele Ratschläge mit wie ihr könnt.

Welche Trends und Entwicklungen seht ihr in der mikrobiellen Genomik und Bioinformatik in den kommenden Jahren?

Dr. Alexander Bartholomäus: In der mikrobiellen Genomik wird es in den nächsten 5 Jahren eine Explosion an praktischer Anwendung geben, zum Beispiel in den Bereichen Gesundheit (z.B. einfache Test fürs Mikrobiom unserer Haut), Landwirtschaft (z.B. Monitoring für die Bodengesundheit) oder Umweltschutz und der Umweltbeobachtung (z.B. zur Bekämpfung von Umweltvermutzung oder Erhaltung der Artenvielfalt). Die Technik wird immer günstiger aber es fehlt an bioinformatischer Expertise, um die Ideen umzusetzen. Genau dafür sind wir da! In der Umweltgenetik werden wir in den nächsten Jahren sehr viele Projekte im Bereich der Umweltbeobachtung sehen. In ein paar Jahren wird es möglich sein, auf einer öffentlichen Webseite nachzuschauen welche Bakterien im Garten, dem Wald oder auf dem Acker nebenan gerad leben oder sich vermehren – Daten, die wir nutzen können, um zum Beispiel die Landwirtschaft effektiver und nachhaltiger zu machen. Ich bin sicher, dass noch viele neue Anwendungen entstehen, die wir uns nicht vorstellen können. Das wird eine spannende Zeit.

 

Interview im Dezember 2023 geführt mit Dr. Alexander Bartholomäus

Bild- und Videomaterial: GreenGate Economics GmbH

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